低温、酸性的环境能激活大蒜中休眠的蒜酶，进而催化了大蒜细胞的生化反应。大蒜细胞中存在较多含硫类生物活性物质，这些含硫化物在蒜酶的作用下，可生成硫代亚磺酸脂、丙烯基硫代亚磺酸脂等物质，并经过一系列的反应生成大蒜色素。通常，最初形成的为蓝色素，而后会有黄色素。前期，蓝色素更多，随着化学反应变化，蓝色素和黄色素会共存，在二者叠加之下，大蒜会呈现出绿色。